貯液瓶的日常維護。清潔是保持流動相貯液瓶正常使用的關鍵，使用LCMS級的溶劑和試劑。陳舊的流動相和用久了的試劑應定期廢棄，防止生長微生物和組分改變。貯液瓶內壁定期清洗，流動相濾頭定期清洗或更換。
　　
液相泵的日常維護。泵的密封圈是最易磨損的部件，密封圈的損壞可能引發漏液或劇烈壓力波動;單向閥的正常工作至關重要，它若發生故障，將直接影響流速的穩定性。日常維護應注意以下幾點：①使用LCMS級的溶劑和試劑；②確保系統壓力在正常范圍；③使用完緩沖液體系后用純水沖洗干凈，防止鹽沉積，系統不運行時應存儲在無緩沖液的溶液或有機溶劑中；④密封圈按照各個生產廠商的建議定期更換。進樣器的日常維護，樣品預處理對于防止進樣針和進樣閥堵塞至關重要。預處理常用方法：①超濾；②溶劑萃取/去鹽；③固相萃??；④灌注凈化/去鹽；⑤色譜分離；⑥甲醇或乙腈沉淀蛋白；⑦酸水解，酶解；⑧衍生化。色譜柱的維護和保存：①每次工作結束，用高比例強溶劑沖洗色譜柱，沖去留在柱上的強吸附組分；②凈化樣品，樣品中的微粒會進入色譜柱，在柱頭上沉積下來，造成柱壓升高，柱效降低；③避免撞擊色譜柱，如掉落或超聲震蕩；④柱壓避免急劇變化；⑤反相柱C18應保存在純有機相或50%有機相中，一周不用要卸下，兩端用堵頭密封，避免干枯。
　　
流動相的選擇。LCMS常用的流動相為甲醇、乙腈、水和它們不同比例的混合物以及一些易揮發鹽的緩沖液，如甲酸銨、乙酸銨等，還可以加入易揮發酸堿如甲酸、乙酸或氨水等調節pH值;LCMS體系要避免使用含磷或氯的緩沖液，含鈉和鉀的成分必須<1mmol/l。(鹽分太高會抑制離子源的信號和堵塞噴霧針及污染接口)含甲酸(或乙酸)<2%，含三氟乙酸<0.5%，含三乙胺<1%，含醋酸銨<10—5 mmol/l。
　　
樣品的預處理。從保護儀器角度出發，防止固體小顆粒堵塞進樣管道和噴霧針，防止污染MS,降低分析背景，排除對分析結果的干擾;從ESI電離得過程分析看，電荷聚集在液滴的表面，樣品和雜質在液滴表面相互競爭，不揮發物(如磷酸鹽等)妨礙帶電液滴揮發，大量雜質妨礙帶電樣品離子氣化，增加電荷中和的可能。
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